Το Πρεσβυγενές Πατριαρχείο Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικής αποτελεί τη Δευτερόθρονη εκ των δεκατεσσάρων Ορθοδόξων Αυτοκεφάλων Εκκλησιών, οι οποίες στο σύνολό τους απαρτίζουν την Ορθοδοξία, ένα εκ των τριών βασικών δογμάτων του Χριστιανισμού, μαζί με τον Ρωμαιοκαθολικισμό και τον Προτεσταντισμό. Με έδρα την Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου, η πνευματική του δικαιοδοσία απλώνεται σε ολόκληρη την Αφρικανική ήπειρο, η οποία αποτελεί ενιαία γεωγραφική εκκλησιαστική περιφέρεια.
Ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας είναι δεύτερος στα πρεσβεία των Ορθοδόξων Πατριαρχών μετά τον Οικουμενικό Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως και κατέχει τον ιστορικό τίτλο «Μακαριώτατος Πάπας και Πατριάρχης της μεγάλης πόλεως Αλεξανδρείας, Λιβύης, Πενταπόλεως, Αιθιοπίας, πάσης γης Αιγύπτου και πάσης Αφρικής, Πατήρ Πατέρων, Ποιμήν Ποιμένων, Αρχιερεύς Αρχιερέων, τρίτος και δέκατος των Αποστόλων και Κριτής της Οικουμένης». Την 9η Οκτωβρίου 2004 Πάπας και Πατριάρχης Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικης εξελέγη παμψηφεί από την Ιεραρχία του Πατριαρχικού Θρόνου ο κ.κ.Θεόδωρος Β΄, (κατά κόσμον Νικόλαος Χορευτάκης). Μετά την εκλογή του το αιγυπτιακό κράτος του απένειμε επισήμως την αιγυπτιακή υπηκοότητα και του παραχώρησε ειδικό διαβατήριο για τη διευκόλυνση των διεθνών μετακινήσεων του.
Το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας έχει μια ιστορική πορεία στην Αίγυπτο και στην Αφρική δύο χιλιάδων ετών. Ιδρυτής και πρώτος Επίσκοπος της Αλεξανδρινής Εκκλησίας θεωρείται, κατά την εκκλησιαστική παράδοση, ο Απόστολος και Ευαγγελιστής Μάρκος. Ο Άγιος Μάρκος εγκαθίσταται στην Αλεξάνδρεια περί το 43 μ.Χ., έτος το οποίο θεωρείται έτος ίδρυσης της Εκκλησίας Αλεξανδρείας.
Κατά τη διάρκεια των πρώτων αιώνων της χριστιανικής εποχής το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας διαδραμάτισε ρόλο καθοριστικό στην αποκρυστάλλωση των αρχών της χριστιανικής διδασκαλίας, αλλά και στην εξάπλωση του χριστιανισμού σε παγκόσμιο επίπεδο. Προς την κατεύθυνση αυτή αποφασιστική θεωρείται η λειτουργία της περίφημης Κατηχητικής Σχολής, που ανέδειξε άνδρες μεγάλου πνευματικού διαμετρήματος, όπως ο Πάνταινος, ο Κλήμης και ο Ωριγένης. Παράλληλα η εμφάνιση, η ανάπτυξη και η συστηματοποίηση του μοναχισμού, είτε στην αναχωρητική, είτε στην κοινοβιακή του μορφή, συνέβαλε μέσω της άσκησης και του παραδείγματος στην εδραίωση της χριστιανικής πίστης, αλλά και στην οριστική διαμόρφωση του μοναχισμού παγκοσμίως.
Κατά τη διάρκεια της αραβικής κατάκτησης (641–1250) και κατά την περίοδο των Μαμελούκων (1250–1517) το Πατριαρχείο τέθηκε σε δοκιμασία αφενός μεν λόγω της πληθυσμιακής συρρίκνωσης του ορθοδόξου ποιμνίου, αφετέρου δε λόγω ένδειας υλικών πόρων. Το Πατριαρχείο άρχισε σταδιακά να ανακάμπτει μετά την οθωμανική κατάκτηση (1517) επιδεικνύοντας ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την ποιμαντική φροντίδα και την υλική ενίσχυση του διάσπαρτου ορθόδοξου ποιμνίου εντός της Αφρικής, αλλά και αναπτύσσοντας κατά καιρούς έντονη διπλωματική δραστηριότητα με στόχο τη διεθνή προστασία του Πατριαρχικού Θρόνου.
Οι ευνοϊκές συνθήκες που δημιουργήθηκαν στην Αίγυπτο από τον Μοχάμετ Άλι και τη δυναστεία του (1805–1952), η εγκατάσταση πλήθους ορθοδόξων χριστιανών και η οργάνωση δυναμικών κοινοτήτων στην Αίγυπτο, και από εκεί σε όλα τα σημεία της βόρειας και ανατολικής Αφρικής, έθεσαν το Πατριαρχείο σε τροχιά αναγέννησης και αναδιοργάνωσης. Σε πρώτη φάση το Πατριαρχείο αναστήλωσε στο μεγαλύτερο ποσοστό την προ της αραβικής κατάκτησης γεωγραφική του δικαιοδοσία διά της αναβίωσης του αρχαίου συνοδικού συστήματος. Εν συνεχεία το Πατριαρχείο έκανε άνοιγμα σε ολόκληρη την αφρικανική ήπειρο, απευθυνόμενο στον κάθε Αφρικανό, πέρα από σύνορα, φυλές και χρώματα, αλλά και με σεβασμό στα ήθη, στα έθιμα και στις παραδόσεις της Αφρικής.
Σήμερα, με εφαλτήριο τις εκκλησιαστικές Επαρχίες (Ιερές Μητροπόλεις και Επισκοπές) το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας αποτελεί μια καθαρά υπερεθνική εκκλησία, αφού δραστηριοποιείται και ασκεί την πνευματική της δικαιοδοσία επί όλων των ορθοδόξων χριστιανών που διαβιούν σε ολόκληρη την ήπειρο, ανεξάρτητα από την εθνικότητα και την υπηκοότητα τους.
Χωρίς να παραγνωρίζει τη σημασία διατήρησης και προβολής της ιστορικής παρακαταθήκης δύο χιλιάδων ετών αδιάκοπης μαρτυρίας της ορθόδοξης πίστης, η Δευτερόθρονος Εκκλησία των Αλεξανδρέων θέτει ως πρωταρχικής προτεραιότητας πεδίο δράσης του την ιεραποστολή. Το ιεραποστολικό έργο δεν περιορίζεται μόνο στον ποιμαντικό τομέα, αλλά επεκτείνεται και στην ανάπτυξη φιλανθρωπικής δραστηριότητας με στόχο την κάλυψη κοινωνικών, εκπαιδευτικών, υγειονομικών και άλλων αναγκών. Προς αυτήν την κατεύθυνση λειτουργούν υπό την αιγίδα του Πατριαρχείου εκπαιδευτικά ιδρύματα όλων των βαθμίδων, σχολές κατάρτισης σε πρακτικές τέχνες, ιατρεία και κλινικές, με έμφαση στην παροχή πρωτοβάθμιας υγειονομικής περίθαλψης, κέντρα υποστήριξης ασθενών με AIDS, φορέων του HIV και ναρκομανών, στέγες αγάπης για απόρους, άτομα με ειδικές ανάγκες και άγαμες μητέρες, ορφανοτροφεία, γηροκομεία, συσσίτια, φιλόπτωχα ταμεία κ.α.
Η πολυεπίπεδη αυτή δραστηριότητα έχει ως σημείο αναφοράς τον Αφρικανό άνθρωπο, ως προσωπική ύπαρξη, ως πλήρη και τέλεια εικόνα του Θεού. Τον Αφρικανό άνθρωπο διακονεί το Πατριαρχείο με αγάπη, εκφράζοντας με αυτόν τον τρόπο το θέλημα του Θεού και τον σκοπό της Εκκλησίας που δεν είναι άλλος από την σωτηρία. Το μέγιστο μέλημα είναι πρωτίστως τα παιδιά της Αφρικής, το μέλλον της ηπείρου, σύμφωνα με τους λόγους της Αυτού Θειοτάτης Μακαριότητος, του Πάπα και Πατριάρχη Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικής κ.κ.Θεοδώρου Β΄: «Χαρά όλων εμάς που διακονούμε τον σκοπό αυτό είναι όταν βλέπουμε να στεγνώνουν τα δάκρυα στα πρόσωπα των παιδιών και στην θέση τους να προβάλλει η παιδική χαρά, τα γελαστά τους πρόσωπα, τότε ανοίγει ο δρόμος που όλοι μας θέλουμε να βαδίσουμε, ο δρόμος της σωτηρίας… Υπηρετώντας τα παιδιά, υπηρετούμε τον ίδιο τον Χριστό και μαρτυρούμε την προφητική αποστολή της Εκκλησίας, την ελπίδα».
